虽然因为宇智波仁的一些影响改变了一些故事进程，但忍届整体的故事仍是朝着大方向进行着。
云隐和岩隐的战争并未持续很久，因为与木叶停战后，岩隐的军力得以全力对抗云隐，虽然处于下风，但至少获得了喘息机会，也使得原本计划攻入岩隐村的云隐改变计划，与岩隐村签订合约，只不过是不平等条约，北方的海域控制权落入云隐手中。
这或许是因为木叶实力犹在，所以云隐也不想和岩隐两败俱伤，在取得利益后便与岩隐停战。
而原本在河之国与部分岩隐形成对持砂隐也与岩隐签订停战协议，他们之间只是爆发过小规模冲突，倒也没有多大伤亡，只是两村之间的隔阂越来越大。
因为岩隐认为要不是砂隐的牵制，说不定岩隐不会落得如此地步，先是输给木叶，后又略败给云隐，在整个二战中岩隐都是在输局。
当一个人失败的时候会喜欢找个借口安慰或发泄，而一个国家失败的时候，也会如此，在岩隐眼中，若不是砂隐的牵制，说不定岩隐的倾力攻击可以打败木叶，至少不会败得如此之惨，丧权辱国，所以大部分岩忍都认为输掉战争归咎于砂隐的牵制，这导致三战中岩隐第一个攻击的国家就是砂隐埋下伏笔。
另一方面，云隐虽然暂时取得一场战争的胜利，但他仍旧深深忌惮木叶的实力而不敢有什么大动作，没人喜欢受到牵制，更何况是一个军事为主的国家，云隐自然得想方设法击败木叶，而现今自暗部和各地的暗哨情报显示，云隐似乎在布局一次针对木叶的大行动，谁都知道，云隐要称霸的话，那得击败木叶才行。
至于雾隐村，似乎是宇智波一族的现状刺激到暗地的那人，对于掌控雾隐的局势也越来越紧凑，血雾时代比原著中更加惨烈，内耗更严重，而这一举措使得雾隐内的血继家族开始被围剿，其中的代表就是水无月家族一夜被灭，其他小家族更是被连根拔起。家族势力被清洗，水影的权力自然也就独大了，斑控制的四代水影也就逐步完全控制雾隐村。
大国间相对平息了战争，而小国家却彼此发生争斗，这也是因为大的国家彼此刚刚停息，不会轻易再次参与战争，这给了小国家机会，国家无论大小，向往更加强大是无可厚非的，这期间，不少小国家被稍微强的国家吞并，开始形成后世的大陆版图。
而此时木叶内部则是在进行着整顿，其中较为显著的就是原本漫画中因为弟弟绳树的死去，刺激医疗上忍同时也是木叶医疗部队长的纲手提出任务小队制中增加战斗医疗忍者，这一提案获得上忍加藤断等人的支持，最终确立了木叶的忍者小队制度，也使得木叶的医疗忍
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