云林只是阅读了一遍金皮书册，就对自己无法突破到真元境的原因了若指掌。
原来普通修者只有一处丹田，进阶真元境时，面对的障碍主要是内气是否足够精纯。有的修者或者是功法不够档次，修炼出的内气杂质过多，或者是体质问题，让修炼出的内气不够精纯凝炼，内气达不到凝炼成为真元的地步，从而无法依靠功法修炼进阶真元境，转而借助丹药辅助，在体内将内气凝聚转化成真元，同时在丹田中形成金丹。
但云林面对的问题却与此迥然不同。
云林体内内气，在精纯度上，无论是以前用天元凝真经凝炼出的元磁构造内气粒子，精纯程度甚至比起真元境修者体内的真元还要过之，从而让云林能以元师境修为却与一些普通的真元境修者对抗而不落下风。
而来到真灵谷后，真灵谷中的灵气已然是元磁构造粒子还要精纯许多，赫然达到了精纯的极致，对突破修为瓶颈极为有利。所以一些迟迟不能突破真元境的元师九层修者，为了突破瓶颈，不惜风险地进入真灵谷，欲要借助谷内精纯至极的灵气突破修为。
所以单纯从内气精纯上来说，云林想要突破到真元境应该是易如反掌才是，故而当初桫椤圣主在传授云林天元凝真经后，就暗中下了评语，说云林日后必定能成功进阶到真元境，对云林抱了很大期望。之所以桫椤圣主如此说法，除了对云林表现出来的天赋很赞赏之外，其中一个更重要的原因就是，天元凝真经凝炼后的内气，对突破到真元境的助益十分巨大。
但桫椤圣主没有料到的是，如今云林体内会有如此多超大丹田，否则其当初也不会那么轻易下此断言了。
云林内气精纯度虽然足够，但进阶真元境，需要将体内所有内气转化成为真元，并在小腹丹田中形成一枚金丹。此枚金丹根据修者体内内气的充沛及精纯程度，会形成九珠，十八珠……直到八十一珠等九种品级的金丹。越是内气精纯充沛的修者，形成的金丹品级就越高，金丹内包含的晶珠数目也就越多，突破真元境后实力也就越强。
云林运转功法突破真元境瓶颈时，就要同时在所有超大丹田中将内气凝聚转化成为真元，同时还要将所有真元吸纳到小腹丹田中进一步凝聚成为金丹。但是云林运转生生功时，只能催动组成六级法阵的七百二十九处丹田中的内气凝聚转化成真元，却没有办法影响到其余的一千多个丹田中的内气，故而无法将内气完全转化成为真元。
不过生生功秘籍中却对此种情况早有准备，为其修炼者提供了解决的办法，就是在突破之时，吞服一种名为凝元丹的丹药辅助突破，而且秘籍中更是把此丹药的丹方
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