顿月多吉遇害后，周垣批准了政治保卫局、卡托加管理局的锄奸计划，帝国的内卫部队以摧枯拉朽之势，一举歼灭潜藏在甘孜内部新噶当派叛乱分子一千多余人。其他地方的新噶当派开始妖言惑众，指责华夏军屠杀无辜的百姓，并开始煽动普通民众造反，将华夏军赶出高原。
在增派遣阿萨辛组织四处刺杀的同时，新噶当派所属的10万多反动军队，20万寺庙武装僧侣，在德干高原莫卧尔王朝以及阿三土王的支持下，发动并逐步扩大叛乱。云南迪庆、甘南和青海藏区的新噶当派头人以及反动僧侣，也趁机率领部落军队进攻帝国的政府驻地，军营以及集体农庄。
喜马拉雅山北部的高原上，空阴云密布，大有黑云压城之势。
在叛军的营地，邪教教主以及上层僧侣，燃灯焚香，在白布、黄布画上千奇百怪的符箓，什么太上老君，观音菩萨，关二爷，周公祖、桃花仙、金罩铁甲护金身、猪八戒、沙和尚，金毛老鼠精等字样应有尽有，并将画好的符咒分发给分散在各地的邪教分子。
除了发放符咒之外，邪教教主还不遗余力的传授咒语，诵咒焚符，冲水令其跪饮。“诵咒之夜即能刀枪不入。你们放心的去杀人吧。”
次日，狂热的新噶当派叛乱分子7000多人，身上贴满符咒，手持砍刀和长矛，念着六字真言，走上街头，逢人便砍。
这些宗教狂热分子，不为谋财，不为占地，不是侵入喇铩或者日喀则，就是在当地进攻县城，围猎村庄，对所有反新噶当派人员，不分男女老幼，挨村挨户，全部用刀砍死，用火烧死，单纯为杀人而杀人，种族灭绝。
叛匪把拥护帝国中央政府土著居民以及宗教界人士抓到之后，剥皮挖眼，残酷杀害。令人发指的是，藏巴汗的特使遭到叛军绑架之后，被拖在狂奔的马后，活活的拖死。
时康北高原民谣：“3月春草绿，杀气弥漫天。十余万人一朝尽，问谁不心酸。桃含愁兮柳带烟，万里黄流寒。阖邑子弟泪潸潸，染成红杜鹃。清歌一曲信史传，千秋寿名山。碧血洒地白骨撑天，哭声达乌兰。”
以甘孜城为例。在新噶当派叛乱期间。叛军疯狂地进攻帝国政府机关、学校、商店和华夏军驻地。普通民众的商店，住宅以及其他教派的寺庙，也跟着遭殃。两百多家店铺和700多间民房被焚，数百年精华尽矣。延及城阙，火光烛天，三日不灭。及至延及旁处，叛军不许扑救。既至火势大发，不可挽救，而放火之叛军，拍手称快，是以各铺户搬移不及，束手待焚，仅将账目抢护而已。一位前乌思藏都司的官员气愤的写道，“若看叛军请神附体，张势作威，焉有杀人放
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