廷闻重庆变，即擢燮元佥都御史，巡抚四川，以杨愈懋为总兵官，而擢河南巡抚张我续总督四川、贵州、云南、湖广军。未至而成都围解，官军乘势复州县卫所凡四十余，惟重庆为樊龙等所据。其地三面阻江，一面通陆，副使徐如珂率兵绕出佛图关后，与良玉攻拔之。崇明发卒数万来援，如珂迎战，檄同知越其杰蹑贼后，杀万余人。监军佥事戴君恩令守备金富廉攻斩贼将张彤，樊龙亦战死。帝告庙受贺，进君恩三官。燮元所遣他将复建武、长宁，获伪丞相何若海，泸州亦旋复。
先是，国祯陷遵义，贵州巡抚李枟已遣兵复之。永宁人李忠臣尝为松潘副使，家居，陷贼，以书约愈懋为内应，事觉，合门遇害。贼即用其家僮绐愈懋，袭杀之，并杀顺庆推官郭象仪等，再陷遵义，杀推官冯凤雏。
当是时，崇明未平，而贵州安邦彦又起。安氏世有水西，宣慰使安位方幼，邦彦以故得倡乱。朝议录燮元守城功，加兵部侍郎，总督四川及湖广荆、岳、郧、襄、陕西汉中五府军务，兼巡抚四川，而以杨述中总督贵州军务，兼制云南及湖广辰、常、衡、永十一府，代我续共办奢、安二贼。然两督府分阃治军，川、贵不相应，贼益得自恣。三年，燮元谋直取永宁，集将佐曰：“我久不得志于贼，我以分，贼以合也。”乃尽掣诸军会长宁，连破麻塘坎、观音庵、青山崖、天蓬洞诸砦。与良玉兵会，进攻永宁。击败奢寅于土地坎，追至老军营、凉伞铺，尽焚其营。寅被二枪遁，樊虎亦中枪死。复追败之横山，入青岗坪，抵城下，拔之，擒叛将周邦太，降贼二万。副总兵秦衍祚等亦攻克遵义。崇明父子逃入红崖大囤，官军蹙而拔之。连拔天台、白崖、楠木诸囤，抚定红潦四十八砦。贼奔入旧蔺州城，五月为参将罗象乾所攻克。崇明父子率余众走水西龙场客仲坝，倚其女弟奢社辉以守。初，贼失永宁，即求救于安邦彦。邦彦遣二军窥遵义、永宁，燮元败走之。总兵官李维新等遂攻破客仲巢，崇明父子窜深箐。维新偕副使李仙品、佥事刘可训、参将林兆鼎等捣龙场，生擒崇明妻安氏、弟崇辉，寅、国祯皆被创走。录功，进燮元右都御史。
时蜀中兵十六万，土、汉各半。汉兵不任战，而土兵骄淫不肯尽力。成都围解，不即取重庆；重庆复，不即捣永宁；及永宁、蔺州并下，贼失巢穴，又纵使远窜。大抵土官利养寇，官军效之，贼得展转为计。崇明父子方窘甚，燮元以蜀已无贼，遂不穷追。永宁既拔，拓地千里。燮元割膏腴地归永宁卫，以其余地为四十八屯，给诸降贼有功者，令岁输赋于官，曰“屯将”，隶于叙州府，增设同知一人领之。且移叙
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