治守邦大计，引宋高宗用黄潜善、汪伯彦事，语复侵士英。会湖广巡按御史黄澍劾奏士英十大罪，士英拟旨逮治。澍与良玉谋，阴讽将士大哗，欲下南京索饷，保救澍。继咸为留江漕十万石、饷十三万金给之，且代澍申理，以良玉依仗澍为言。士英不得已，免逮澍。继咸既与士英隙，所奏悉停寝。
明年正月，继咸言：“元朔者，人臣拜手称觞之日，陛下尝胆卧薪之时。念大耻未雪，宜以周宣之未央问夜为可法，以晚近长夜之饮、角之戏为可戒。省土木之功，节浮淫之费。戒谕臣工，后私斗而急公仇。臣每叹三十年来，徒以三案葛藤血战不已。若《要典》一书，已经先帝焚毁，何必复理其说。书苟未进，宜寝之；即已进，宜毁之。至王者代兴，从古亦多异同。平、勃迎立汉文，不闻穷治朱虚之过；房、杜决策秦邸，不闻力究魏征之非。固其君豁达大度，亦其大臣公忠善谋，翊赞其美。请再下宽大之诏，解圜扉疑入之囚，断草野株连之案。”王降旨俞其言。
群小皆不喜继咸，汰其军饷六万，军中有怨言，继咸疏争不得。又以江上兵寡，郑鸿逵战舰不还，议更造，檄九江佥事叶士彦于江流截买材木。士彦家芜湖，与诸商昵，封还其檄。继咸以令不行，疏劾士彦。士彦同年御史黄耳鼎亦劾继咸，言继咸有心腹将校劝左良玉立他宗，良玉不从云。良玉尝不拜监国诏，闻之益疑惧，上疏明与继咸无隙，耳鼎受指使而言，《要典》宜再焚。江东人乃由是交口言继咸、良玉倡和，胁制朝廷矣。会都下又有伪太子之事，良玉争不得，遂与士英辈有隙。继咸疏言：“太子真伪，非臣所能悬揣。真则望行良玉言，伪则不妨从容审处，多召东宫旧臣辨识，以解中外之疑。”疏未达，良玉已反。
初，继咸闻李自成兵败南下，命部将郝效忠、陈麟、邓林奇守九江，自统副将汪硕画、李士元等援袁州，防贼由岳州、长沙入江西境。既已登舟，闻良玉反，复还九江。良玉舟在北岸，贻书继咸，愿握手一别，为皇太子死。九江士民泣请继咸往，纾一方难。继咸会良玉于舟中，良玉语及太子下狱事，大哭。次日，舟移南岸，良玉袖出皇太子密谕，劫诸将盟。继咸正色曰：“密谕何从来？先帝旧德不可忘，今上新恩亦不可负，密谕何从来？”良玉色变，良久乃曰：“吾约不破城，改檄为疏，驻军侯旨。”继咸归，集诸将于城楼而洒泣曰：“兵谏非正。晋阳之甲，《春秋》恶之，可同乱乎？”遂约与俱拒守。而效忠及部将张世勋等则已出与良玉合兵，入城杀掠。继咸闻之，欲自尽。黄澍入署拜泣曰：“宁南无异图。公以死激成之，大事去矣。”副将李
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