倭人降，独酋帅迟受信据任存城未下。始，定方破百济，酋领沙吒相如、黑齿常之啸亡散，据险以应福信，至是皆降。仁轨以赤心示之，畀取任存自效，即给铠仗粮Я。仁师曰：“夷狄野心难信，若受甲济粟，资寇便也。”仁轨曰：“吾观相如、常之忠而谋，因机立功，尚何疑？”二人讫拔其城。迟受信委妻子奔高丽，百济余党悉平。仁师等振旅还，诏留仁轨统兵镇守。
百济再被乱，僵尸如莽，仁轨始命瘗埋吊祭焉。葺复户版，署官吏，开道路，营聚落，复防堰，赈贫贷乏，劝课耕种，为立官社，民皆安其所。遂营屯田，以经略高丽。仁愿至京师，帝劳曰：“若本武将，军中奏请，皆有文理，何道而然？”对曰：“仁轨之辞，非臣所能。”帝叹赏之，超进仁轨六阶，真拜带方州刺史，赐第一区，厚赉妻子，玺书褒勉。
先是，贞观、永徽中，士战殁者皆诏使吊祭，或以赠官推授子弟。显庆后，讨伐恩赏殆绝；及破百济、平壤，有功者皆不甄叙。州县购募，不愿行，身壮家富者，以财参逐，率得避免。所募皆伫劣寒惫，无斗志。仁轨具论其弊，请加慰赉，以鼓士心。又表用扶余隆，使绥定余众。帝乃以隆为熊津都督。
时刘仁愿为卑列道总管，诏率兵度海，使代旧屯，与仁轨俱还。仁轨曰：“上巡狩方岳，又经略高丽。方农时，而吏与兵悉被代，新至者未习，万一蛮夷生变，谁与捍之？不如留旧兵毕获，等级遣还。仁轨当留，未可去。”仁愿不可，曰：“吾但知准诏耳。”仁轨曰：“不然。苟利国家，知无不为，臣之节也。”因陈便宜，愿留屯。诏可。由是以仁愿为不忠。
始，仁轨任带方州，谓人曰：“天将富贵此翁邪！”乃请所颁历及宗庙讳，或问其故，答曰：“当削平辽海，颁示本朝正朔。”卒皆如言。及封泰山，仁轨乃率新罗、百济、儋罗、倭四国酋长赴会。天子大悦，擢为大司宪。迁右相，兼检校太子左中护。累功封乐城县男。
总章元年，为熊津道安抚大使，兼浿江道总管，副李勣讨高丽，平之。以疾辞位，进金紫光禄大夫，听致仕。俄召为陇州刺史，拜太子左庶子、同中书门下三品，监脩国史。咸亨五年，为鸡林道大总管，东伐新罗。仁轨率兵绝瓠芦河，攻大镇七重城，破之。进爵为公，子及兄子授上柱国者三人，州党荣之，号所居为“乐城乡三柱里”。俄拜尚书左仆射兼太子宾客，仍知政事。
吐蕃入寇，命为洮河道行军镇守大使。永隆二年，加太子少傅。数乞骸骨，听解左仆射。帝幸东都，太子监国，诏仁轨与裴炎、薛元超留辅。及太子赴东都，又诏太孙重照留守，仁轨副之。武后
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